王宗超在生化世界时，用了剩下五个月时间协助艾丽丝等人捣毁保护伞的各处据点以及与保护伞有着种种联系的，散布生化病毒进行恐怖活动的恐怖组织。由于艾丽丝已经修炼了种种精神力技能，几乎可以直接在对方的大脑内获得情报，在南极基地又复制了更多克隆体又保证了获得情报过程的高效率。在她绝对的情报优势与克隆体的人数优势，加上王宗超所向披靡的绝对的武力优势配合下，几乎可以说是摧枯拉朽地把保护伞所有明暗势力都连根拔起。
不过为了避免过度刺激保护伞令其狗急跳墙，他们同时还借助阿莱西亚兄妹的名义行动。由于这两兄妹的祖父爱德华.亚西福特是保护伞的创立者以及T病毒奠基者之一，一直广受保护伞研究员所敬仰。所以借助亚西福特家族的名义可以让保护伞中、下层人员感觉到这只是一场高层权力变动以及保护伞的重组，不会触犯他们的切身利益。就像威廉当初怀疑王宗超是阿莱西亚研制出的生化武器，其他研究员也有理由相信这位天才少女在潜匿了十五年之后又有了划时代的惊人研究成果，并正借超级生物兵器重新确立自己家族对保护伞的控制地位。就这样，王宗超与艾丽丝控制住了大半保护伞秘密基地。
但在这个过程中，保护伞的实际掌控者，阴谋家斯宾塞却是非杀不可。王宗超与艾丽丝用了整整三个多月追踪，最终才在一个保护伞地下基地把这家伙逼上绝路。只是临死前他竟然引爆了一个一千万吨级的氢弹，与入侵者来了一个同归于尽。
不过好在王宗超对这点早有防备，他让艾丽丝始终只乘坐一辆直升机在十里外的高空遥控二十几名克隆体深入地下作战。同时自己始终步步为营，留好后路，确保无论遇到任何危及情况都能及时遁逃。在核爆前几秒凭着三阶基因锁顶峰，开始感悟末那识后神而明之的危机感应，瞬间逃出地下基地并飙出半里之外。在他状态完好的情况下，虽然毁损范围极广的巨大炽热火团还是将他卷入其中，但毕竟没法重创他了。
而艾丽丝则损失了二十几名克隆体，自己却及时驾机飞出了核爆范围，虽然飞机在随之而来的冲击波与核电磁脉冲下坠落，不过她在自己的念动力护持下，还是依然无损。
事实上，正如王宗超对何师祖刚刚生出敌意，还未准备有所行动，对方已经有所察觉一样。基因锁三阶高手的危机预知近乎未卜先知之术。针对他的阴谋活动越是多人参与，越是目标明确，越是谋划精巧满有成功把握，越是杀意、敌意强烈，就越是能够让他生出感应从而先行趋避。而如果是临时起意的阴谋计算，却又难以做到精巧必杀。如果斯宾塞准备的核弹是好几个千万吨级的，强烈的危机感甚至会让王宗超根本不会前往。所以基因锁三阶高手除了精神力者外，实际战力虽然不见得比二阶顶峰高出多少，但却比二阶顶峰高手十倍难杀！
但即使是这样，三阶高手也切忌弄得举世皆敌，如果每时每刻都至少有上百个人在计算谋划你或者在痛打扎成你模样的小人，大量的敌意怨气必然会将原本清明的感知搅成一滩浑水。即使对方不清楚你的姓名与具体形象，但冤有头债有主，怨气敌意在冥冥中也会有所针对。或者三阶高手将大量心力集中在某件事物上，对于危机感知也会有所减弱。何师祖当年结下大量因果孽报，又一心炼制僵尸王，两个禁忌全犯，这才造成机会让王宗超等人得手。
而那次也是王宗超与艾丽丝遇上的最凶险一次危机，此外基本上都行事顺利。只是T病毒依然在全球迅速蔓延开了，这种病毒绝对是穷人的核弹，属于吐一口痰毁灭一个城市那种。即使保护伞不用，也有许多极端主义组织或个人乐意去使用。潘多拉之盒已经打开，就不是单纯毁灭或者控制了保护伞能够关上了。不过好在三种克制T病毒的药草已经广泛散布出去，虽然目前基于这些药草研制的T病毒消毒液以及疫苗还谈不上完善，却也一定程度减缓了T病毒蔓延速度，并让感染者有了百分之十左右痊愈的可能。
不过在人类逐步在对抗T病毒斗争中稳住阵脚时，T病毒也在核辐射下变异发展出种种变体，大量动植物在T病毒与核辐射双重作用下也大量死亡，余下也发生了一系列可怕的变异。侥幸存活的生命，却又要时刻面对其他凶猛变异生物的捕食。而大型变异兽还罢了，携带T病毒的小型昆虫、老鼠更是肆意传播病毒，大自然的食物链面临崩溃的边缘。
针对这种情况，各国政府不得不投入大量资源在海上、地下或者冰原、高原上建造了一些全封闭式避难所，几乎可以说杜绝任何昆虫、飞鸟的进入，确保避难所中的人不会受到病毒威胁。
然而即使是政府，也只能保证少数一部分人的安全。而在末日危机驱使下，人性的种种丑恶之处一展无遗，许多人疯狂地收集各种武器与生存资源，不惜烧杀抢掠，社会陷于无政府的混乱状态。由于能够进入避难所的只有占据很少比例的一部分人，在此过程难免造成许多不公。许多被拒之门外或者有亲属由于被拒之门外而丧生的人对于避难所内的人们无比嫉妒憎恨，甚至千方百计要把病毒散布进去……
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