不过，这一切并未结束，许宁继续望向洪荒大地。
巫妖劫后，随着巫妖二族衰落，人族终于成为天地主角，此时人间界仍有未被接走的大巫部落，视崛起的人类为死敌，人巫大战久斗不休。
伏羲以太昊之名建立华胥部落，一统中原人族诸部，并画神龙以为人之图腾。
成为人间人族首领的伏羲逐渐回忆起前世的身份——妖族高贵的羲皇，圣人女娲的兄长。
其遂凭前世记忆行走洪荒，收服五匹龙马，又演练八卦，最终受人教老子册封为火云宫天皇圣人，并传位于尝百草而得天下民心的神农。
神农氏共主中原多年，而暗中培养势力的大巫蚩尤也已将人间所有残余巫族统一，自称为九黎族。
九黎族并非纯粹的巫族部落，其中有大量部民人巫混血，甚至包括蚩尤本人。
人巫混血全因巫族天生神通巨力，奈何繁衍困难。偶然有人巫通婚，竟发现结合所出之子既有元神，又有不逊色于纯种巫族的神力，繁衍时间又较短，故人巫二族开始大规模通婚。
蚩尤曾拜于祖巫门下，练就不破之体，在劫后试图聚祖巫之灵为己所用，称为十二都天神煞异术。蚩尤用此术兴风作浪，铸八十一魔兵，有九路魔军，号称“九凶”。
此时妖圣风伯飞廉自东皇太一陨落后，一心重建天庭，纠集天庭雨师计蒙、花园主英招夫妻二妖，大聚兴祭，却屡屡受挫。又见人间人族兴盛，已成天地主角，妒忌之余挑拨炎帝，使神农部落入侵了在北方声名显耀的有熊部落，以使人族内斗，削减人族气运。
蚩尤知飞廉一直与人族相争，便同飞廉结盟，飞廉被蚩尤蛊惑，准备与巫族一道摧毁气运正旺的人族部落，计蒙与英招却十分忧虑。
蚩尤手下大巫刑天、相柳等皆不屑与妖族合作，但又沉默不言，独有玄冥弟子九凤与蚩尤分道扬镳，带领族人往北冥天池迁徙。
此时人教为抚恤黎庶，平定天下，乃令群贤下界论道。但天下却愈加混乱，中原久战不休，许多人族部落往西、南迁徙，气运分散。
飞廉化身人教神明，挑拨炎帝神农大军征伐有熊部落，并攻打以其首领少典、附宝为尊的西陵、防风等部落，少典无计可施，被炎帝大将并节所杀。
此时的洪荒大地，怎一个乱字可言。
不过乱代表着发生的事情多，也就代表着世界演变，因此许宁再度将这段历史刻入混沌珠中：
太昊龙腾华胥立，共主一统称中原。
九凶兵主不破体，妖圣密谋削绵延。
火云治世服部众，命归有熊盟盘桓。
群贤论道乱无止，四迁分运薪火传。
………………
少典之子轩辕，天生异相，生而神灵，弱而能言，幼而徇齐，长而敦敏，成而聪明，乃是天命帝王，自幼便被崆峒山广成子收为徒。
彼乃是阐教十二金仙之首，开后世仙人作帝王之师先河。
轩辕下山降服并节，并救西陵部落女首领嫘祖，经坂泉之战，天下人族心服。后领诸部朝觐神农部落，令炎帝惭愧，有意禅让，轩辕逊而不受。
蚩尤得知人族转危为安，功德皆出有熊部落轩辕，便知人族气运仍盛，更欲逆天而为。
飞廉更是为使蚩尤踏平人族鼎盛之土，亲自作法以风雨之术助九黎族行军。
九黎初征神农边境，擒杀所遇人族各部首领，以其头颅祭祀盘古父神。
蚩尤之名一时间令整个中原闻风丧胆。
轩辕欲保天下百姓免受战乱，却倾力也不敌蚩尤巫族之军，以为广成子修行之道也终究难平杀伐之魔。
无奈之下四处求贤，有伏羲后人风后与轩辕相遇，讲兵法之道、机关之术，轩辕遂金台拜相，聚集天下群雄，远征九黎。
风后以人族兵法、机关连破巫族鲁莽侵袭，制作指南车使人族大军穿过风雨烟雾，并于常羊山断巫族大将刑天之首，刑天无首，遂忿怒化双乳为眼，脐为口竭力再战。
蚩尤闻之大怒，亲自救下刑天，与轩辕约定会战与冀州之野，胜者作天下之主。
轩辕此时已抛弃崆峒山中修行之道，纵然如何变动风后所传兵法阵法，也难以破蚩尤之十二都天神煞异术。
风后便使轩辕回山请教师尊广成子。
广成子下山，赐下至宝轩辕剑，为当年帝俊屠巫剑，其被天道收走之后又赠与了元始天尊，经元始天尊手重炼之物，可破巫族阵法。
广成子又出阵与妖族风伯飞廉、雨师计蒙、花园主英招对峙，阐明天道之理。
英招与计蒙见战况如此，知天道欲扶立人族，进而知巫妖真大势已去，便撤去各自妖术法相，与妖圣飞廉相别而离。
但飞廉仍执迷不悟，一心杀灭人族，并将英招、计蒙二妖离去之事告知刑天、相柳。
刑天、相柳忿怒二妖自去，战后便分头追杀起英招、计蒙。
不久蚩尤与轩辕决战，蚩尤欲聚十二祖巫魂灵重现盘古灵体，却因后土未死而失败，被轩辕斩去三头，并用伏羲龙马分其尸首，灭九黎族。
轩辕自知得胜全仰仗广成子，深愧此前一度抛弃修行之道，便再次向广成子请教。广成子传以修身养性之法，不久轩辕乘龙登天，被人教老子册封为火云宫人皇圣人，人文初祖，世人皆念其救民水火，一统人族，尊称“黄帝”。
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